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As alterações no meio ambiente interferem diretamente na saúde humana e contribuem para a elevação dos custos empregados no tratamento de doenças previsíveis. Assim, o gerenciamento dos fatores de risco relacionados a saúde que advém dos problemas ambientais é parte integrante da vigilância em saúde.
A equipe de Endemias trabalha com ações no programa de combate à dengue, no atendimento as demandas dos Programas de Controle da Esquistossomose, SISAGUA e PNCD, no Programa de Controle da doença de Chagas, no Programa de Controle da Esquistossomose, o Programa de controle da Leishmaniose em fase de implantação, distribuição de material explicativo e orientação prática.
Devido a ajustes na forma de atendimento e execução das atividades o Programa de controle da Leishmaniose está, momentaneamente, com as atividades suspensas: aguardando a adequação do Programa e Controle da Leishmaniose às novas diretrizes para retomar o atendimento das demandas.
 No Programa de Controle da doença de Chagas, Posto de Identificação de Triatomíneos (PIT) está sendo reativado e a equipe montada.
Ao final de cada ciclo de visitas do PNCD são realizadas reuniões de alinhamento para o início do próximo ciclo.